rayfill氏よりM-x recompileで前回compileしたときのディレクトリでmakeしてくれるよー、とツッコミをいただきました。ありがとうございます。
手元で確認したところ、Meadow2ではダメでしたが、Meadow3ではちゃんとcompileしたときのディレクトリでmakeしてくれました。compile-commandは元のディレクトリからじゃないと意味がないんだから、普通復元するだろJKって感じですよね。こりゃ、他のマシンもMeadow3へ移行すべきかな。compile.elだけなんとかするって手もあるけど、他にも色々あるしね。