結局未だにMeadow3のままでEmacs23.2に移行していませんが、移行しやすくするために環境を整備しました。
.emacsの類は ~/emacs/config/ に置き、従来site-lispに置いていたものは ~/emacs/lisp/ へ置くようにし、~/emacsをgitで共有するようにしました。.elcはMeadow3とNTEmacs23.2の間で互換性があるのか分からなかったので共有せず、チェックアウト先個別で(byte-recompile-directory "~/emacs/lisp/" 0)するようにしました。
.emacs-meadow.elの設定の内、プラットフォームに依存していないものはできるだけ.emacs-common.elへ移したり。apelやflim、semi、wlはMeadow3のインストーラで入れていたのですが、それも~/emacs/lispへ手動で入れ直したり。